После очередной битвы с ТЕХНОГАНСТЕРАМИ ДРЕГГА ТМНТ возвращаются в свое логово вместе с Картером. Теперь закон на стороне дрегга. ТМНТ чудом избежал ареста.
Картер и черепахи сыты по горло. Они устали от способности Дрегга обманывать людей, заставляя их верить, что он их спаситель! Бросив вызов Дреггу на финальный поединок, они оказываются в проигрышном положении. Только на этот раз их новые мутации были запечатлены на пленке, и теперь мир считает Супертуртлов злыми ужасными монстрами.
Без чьего-либо ведома СЛОРРА выпустили из инкубатора, и теперь он пропал. Итак, пока Картер работает над своим наручным Лучом, черепахи отправились в горы, где находилась новая оперативная база Дрегга: Цитадель. Как только черепахи прибывают, они подвергаются нападению и мутируют в свои супер-черепашьи формы. Дрегг посылает за ними РЕПЛИКОНА, робота-воина. Они продолжают мутировать и демутировать во время своей борьбы. Каждый раз, когда они уничтожают Репликон, он «воспроизводит» себя многократно.
Тем временем Эйприл связывается с Картером по поводу гигантского слизняка (Слорра), который нападает на торговый центр Нортсайда. Картер обнаруживает, что любой кусок металла, который проглатывает Слорр, становится частью его физического состава. Картер пробует свой наручный Луч, и он работает, чтобы остановить Слорра. Затем Слорр улетает.
Позже Картер и черепахи объединяются и перегружают генераторы Цитадели топливом X-fire в надежде, что она взорвется сама — что она и делает-и успешно обращает вспять модель роста Слорра обратно к его первоначальной слизнеподобной форме.