Полагая, что черепахи-единственное, что стоит между ним и полным господством на планете, и не имея возможности добыть столь необходимую ему Нейтрониевую руду, Дрегг вступает в контакт со старым союзником: Медузой, зловеще красивой инопланетянкой. Дрегг нанимает Медузу, чтобы уничтожить черепах для него. Поэтому, пока Медуза заманивает черепах в драку на гидроэлектростанции, хай-тек успешно ведет Техногангстеров обратно в Нейтрониевую шахту, где они могут свободно продолжать свою работу. Вернувшись на завод, мутант Картер почти разрушает плотину (что привело бы к гибели тысяч жизней), и в суматохе Медуза захватывает Леонардо. Похоже, она намеревается продать его и других черепах в рабство в другой части галактики. Картер, теперь уже вернувшийся к своему нормальному состоянию, винит себя в исчезновении Леонардо. Он понимает, что ему нужно проводить больше времени, тренируясь со Сплинтером, чтобы научиться контролировать свою мутацию. Черепахи принимают «приглашение» Медузы встретиться с ней на Всемирной телерадиовещательной башне, чтобы спасти Леонардо, но обнаруживают, что их обманули. Во время битвы черепахи испытывают полномасштабную мутацию, которая пугает Медузу, и она отступает. Тем временем Дрегг вызвался починить искалеченную космическую станцию SkySat, которая бессильно вращалась вокруг Земли. Мало ли земляне знают, что он намерен установить свою Стазисную ретрансляционную систему, чтобы исполнить свое предназначение и стать верховным правителем мира! Медуза крадет проектор виртуальной реальности Картера и использует его, чтобы заманить Донателло, Рафаэля и Микеланджело на свой корабль. Но с помощью устройства самонаведения, встроенного в водолазки черепах, Картеру удается найти корабль Медузы и спасти их. Донателло посылает Медузу (через ее бортовой телепорт) на другой конец галактики и срывает генеральный план Дрегга. К сожалению, черепах обвиняют в уничтожении станции SkySat, а Дрегга до сих пор считают героем.