Как раз в тот момент, когда черепахи считают, что избавились от Шреддера, жестяной ухмылке удается убедить Крэнга вернуть его на землю. Но в качестве предлога увидеть, как Шреддер страдает за свою некомпетентность на земле в прошлый раз, Крэнг лишает своего союзника всего оружия и пехотинцев; на этот раз он сам по себе!Используя трансмерный портал, чтобы вернуться, Шреддер быстро воссоединяется с Бакстером Стокманом и набирает местную школу ниндзя, чтобы замаскироваться под полуобнаженных героев, чтобы занять их достаточно долго, чтобы он мог похитить Сплинтера.В то время как черепахи сражаются со своими самозванцами, чтобы очистить свои имена, Сплинтер захвачен новой машиной крысолова Бакстера и помещен в смертельную ловушку Шреддером. Зеленая машина преуспевает в том, чтобы уничтожить искусственных черепах, и, следуя подсказкам, заманивается в логово Шреддера, после решающей битвы с крысоловом Бакстера ниндзя могут спасти Сплинтера, но Шреддер и его ученый кореш убегают, чтобы сражаться в другой день..