Дедал заражен компьютерным вирусом-призраком. Доктор Маккей и его команда должны остановить его, поскольку члены экспедиции «Атлантис» возвращаются с Земли после встречи в ЮГК благодаря ЗПМ. Во время встречи в ЮГК доктор Вейр узнает, что Пентагон планирует заменить майора Шеппарда полковником Колдуэллом.