После неудачной попытки захватить Разара и Токку черепахи возвращаются в логово, чтобы увидеть эксцентричного миллиардера Эй Джея Говарда, извергающего в эфир свою идеологию и ненависть к мутантам. Он заканчивает свое послание тем, что представляет Дирка Сэвиджа, охотника на мутантов, и объявляет номер 800 для зрителей, чтобы они позвонили по своим наблюдениям за мутантами и приказали им «Долой мутантов». Первые жертвы Дирка Сэвиджа — наполеоновская лягушка Бонафрог и лягушка Генгис, приятели черепах из Эверглейдса и несчастные жертвы плохого планирования отпуска. Вернувшись в логово, Сплинтер предполагает, что, хотя Дирк Сэвидж и является их злейшим врагом, он вполне может быть их злейшим союзником. Черепахи должны продемонстрировать, что не все мутанты злые. После того как Леонардо и Микеланджело попадают в плен к Дирку Сэвиджу, Донателло и Рафаэль связываются с Эйприл и Ирмой. Похоже, что Эй Джей Говард когда-то владел генетической лабораторией и исчез на год после того, как ее внезапно закрыли. Что это значит? Черепахи вот-вот узнают об этом. Донателло и Рафаэль связываются с Мондо Гекко и убеждают его действовать в качестве приманки и позволить Дирку Сэвиджу захватить себя в плен. Мондо геккон без колебаний соглашается, так как Донателло планирует на него самонаводящееся устройство и посылает его на улицу. Конечно же, как только Дирк захватывает тока, он захватывает Мондо Гекко и высаживает их в секретном убежище Эй Джея Говарда, где Говард показывает, что не хочет уничтожать мутантов…он хочет, чтобы они служили его войсками. Без ведома Дирка Сэвиджа Эй Джей Говард сам стал мутантом. Теперь он хочет захватить власть над человечеством. Донателло размышляет о более раннем замечании Сплинтера и придумывает способ быть захваченным Дирком Сэвиджем, где они могут убедить охотника на мутантов, что они хорошие парни, спасая его жизнь от Разара. Тем временем Эйприл и Ирма, шныряя вокруг секретного нового здания Эй Джея Говарда, обнаруживают его истинную цель: превращение людей в мутантов. После контакта с Эйприл Донателло, Рафаэль и Дирк Сэвидж бросаются через весь город, чтобы остановить дьявольский заговор Говарда и спасти всех своих друзей-мутантов.