Крэнг работает над дублированием оригинального мутагена, когда приходят Бибоп и Рокстеди и все испортили. Муха садится в Мутаген, и он увеличивается в размерах. Не имея возможности контролировать его, Бибоп и Рокстеди посылают гигантское насекомое на Землю. Увидев, что мутаген делает с мухой, Крэнг и Шреддер решают использовать его для создания больших насекомых, чтобы захватить весь мир. Лягушонок Чингис (друг черепах) решает пойти в город и повидать своих приятелей. Добравшись туда, он замечает огромную муху и начинает преследовать ее. Тем временем черепахи смотрят телевизор и видят апрельский репортаж о массивной мухе. ТМНТ идут проверить это и в конце концов спасают Чингиса от огромного жука. В измерении X Крэнг и Шреддер используют мутаген на трех жуках и отправляют их на Землю, чтобы занять черепах, пока они продвигают свой план. Их план состоит в том, чтобы найти муравейник и использовать мутаген на муравьях. Город сходит с ума от гигантских насекомых, которые беснуются и уничтожают его. Грязевая Оса вьет гнездо на здании Шестого канала, а гигантский скорпион нападает на черепах и Чингиса. Как только нашим героям удается поймать Скорпиона в ловушку, Эйприл звонит черепахам и просит о помощи. ТМНТ спасают Эйприл из грязевого осиного гнезда, и вскоре после этого Оса нападает на них. Шредер, Бибоп и Рокстеди прибывают на Землю и находят свой муравейник. Шредер случайно проливает какой-то мутаген на муравья, и тот набрасывается на них. Злодеям удается убежать от гигантского муравья, а затем они возвращаются в муравейник. Черепахам, Эйприл и Чингису удается собрать всех насекомых вместе, но они не могут понять, что с ними делать, пока не обнаружат Шреддера, Бибопа и Рокстеди. Наши герои заманивают Жуков в сторону Шреддера. Когда Шреддер видит огромных насекомых, направляющихся к нему, он понимает, что у него нет времени довести свой план до конца, и быстро говорит Крэнгу открыть портал. Шредер, Бибоп и Рокстеди проникают через портал, но не закрывают его вовремя. Они внезапно оказываются на Технодроме со всеми насекомыми, которых они изначально послали на Землю. И снова черепахи обратили план своего заклятого врага против них самих.