Каждый сезон имеет уникальную сюжетную линию, которая отличает его от предыдущего. Хотя о сюжетной линии 3-го сезона Академии Амбреллы известно не так много, мы все же можем предположить некоторые факты, касающиеся сюжетной линии. Есть хороший шанс, что предотвращение нового Армагеддона будет в повестке дня этого сезона.
С завершением 2-го сезона стало ясно, что нашим любимым героям предстоит сразиться с не менее могущественной группой людей. В последнем эпизоде представлена Академия Воробья, раскрывающая другую группу из семи человек, каждый со своим собственным набором талантов.
