Картер, Эйприл и черепахи расследуют ограбление музея старинных часов. Убежденные, что дрегг несет ответственность, но не уверенные почему, черепахи обнаруживают ключ к разгадке на настенном дисплее с двумя рядами часов. Над верхним рядом-буквы «LT», а над Нижним-буквы «LL». Донателло сделал вывод, что это «долгота» и «широта», и, сложив цифры на часах и сверившись с картой, объявил место — Северо-Западный сталелитейный завод.
Герои решают исследовать, не является ли это одной из ловушек Дрегга. Но это не Дрегг, вместо него они находят костюмированного персонажа по имени Хронос — Повелитель времени и король Часовой башни. Хронос убегает, но угрожает черепахам, что планирует совершить два преступления, и бросает им вызов остановить его.
Что-то в этом парне кажется мне знакомым, поэтому черепахи разделяются на две команды, чтобы предотвратить оба преступления Хроноса. Эйприл намеревается узнать, кто он такой.
Вернувшись в логово, раздается сигнал тревоги, и Сплинтер неожиданно оказывается во власти Хроноса.
Позже черепахи и Картер воссоединяются, чтобы сравнить свои заметки. Только они случайно встречаются под часовой башней Ратуши, которая напоминает им о прошлом приключении, которое приводит их к личности Хроноса. Кажется, его настоящее имя Уинстон Фрипп, и он был задержан черепахами после того, как ограбил городскую сокровищницу. Очевидно, черепахи связали его и оставили в часовой башне для полиции. Лязг шестеренок и звон колокольчиков свели его с ума, и с тех пор он поклялся отомстить черепахам.
Но Фрипп / Хронос не знает ни о Картере, ни о новых мутациях черепах, поэтому Картеру удается узнать местонахождение мастера Сплинтера и спасти его.
Позже Дрегг, который снабдил Хроноса своим арсеналом, притворяется ответственным за захват Хроноса и клянется продолжать защищать город от всех преступников и черепах-мутантов!