Крэнг, Шреддер, Бибоп и Рокстеди врываются в мэрию записей и крадут папку с картами городской канализационной системы, датированную 1895 годом. Прежде чем они успевают сбежать обратно на Технодром, черепахи надирают им коллективные задницы. Зализывая раны в безопасности Технодрома, Шреддер обвиняет Бибопа и Рокстеди в своих неудачах, клянется отомстить черепахам и решает, что пока Крэнг начинает свои раскопки в городской канализации (в надежде обнаружить источник сокровищ), он будет занят вербовкой своих новых приспешников (чтобы заменить Бибопа и Рокстеди, которые были заперты в комнате, чтобы уберечь их от опасности), чтобы помочь избавиться от черепах раз и навсегда. Обеспокоенные и сбитые с толку интересом Крэнга к канализационной системе, черепахи отправились на разведку, но быстро столкнулись с Шреддером и его злодеями и бывшими врагами, завербованными для уничтожения черепах: Крысиным королем, Слэшем, Кожеголовым, искушением, отморозком, сибирской язвой и Хромовым куполом! После того как черепахи получают Пинок под зад, они делают то, что должны были сделать в первую очередь — убегают. Убедившись, что они никогда не найдут их в канализации, Галерея жуликов Шреддера решает выманить черепах на открытое место, уничтожив город. Это работает , хотя черепахи знают, что именно это и планировали злодеи.Черепахи захвачены в плен и вот-вот будут «уничтожены», но в запасе всего несколько минут, и их спасают Сплинтер, Ирма, Эйприл, Кейси Джонс и Зак, почетная «пятая» черепаха. Тем временем Крэнг раскопал приз, который так долго искал, — звездный корабль легендарного космического пирата капитана Логоса. Похоже, что капитан Логос потерпел крушение на своем корабле на земле тысячу лет назад, и, как и подозревал Крэнг, он наполнен добычей космического пирата — богатствами, недоступными воображению, награбленными со всех уголков галактики. Однако прежде чем Крэнг и Шреддер успевают «транспортировать» звездный корабль капитана Логоса обратно на Технодром, черепахи прибывают на место происшествия, и с помощью Дезинтигратора Шреддера, который был разработан, чтобы уничтожить черепах, корабль космического пирата разлетается вдребезги. Естественно, жулики Шреддера злятся, что им не заплатят, и бросаются в погоню за Крэнгом и Шреддером, которых затем спасают Бибоп и Рокстеди, вырвавшиеся из своего заключения, потому что боятся, что Шреддер нуждается в их помощи.