Пока Донателло и три другие черепахи обсуждают вопрос «мозги против мускулов», срабатывает система раннего предупреждения Донателло. Согласно показаниям Донателло, город испытал сильную вибрацию, исходящую от Земли. Естественно, все подозревают Шреддера и Крэнга, поэтому они немедленно приступили к расследованию. Показания Донателло приводят их в правительственную исследовательскую лабораторию, где всего несколько минут назад Шреддер получил микро-бластер от одного из местных ученых. Считается, что бластер — самое мощное (и самое маленькое) оружие, известное человеку. Во время драки Донателло серьезно ранен Шреддером. И пока Шреддер ускользает от охранников (без своего микро-бластера), черепахи тоже отступают обратно в логово вместе с полубессознательным Донателло. Когда Дон выходит из комы, он уже не тот. Что-то в нем изменилось. Но одно можно сказать наверняка: он зол и хочет Шреддера так сильно, что чувствует его вкус. Но Донни чувствует, что ему нужна новая личность… что-то, что вселит страх в сердце Шреддера, что-то вроде темной черепахи, борца с преступностью в стиле Бэтмена. Тем временем три звездных крейсера, груженные Трицератонами, приземлились в городе, объявив землю собственностью Трицератонов. Донателло рыщет по подлым улицам города в поисках Шреддера, который теперь в сговоре с местным мафиози по имени Вольф Джексон. Лео, Майк и Раф сражаются с Трицератонами, которые намереваются отправить Землю через свои Звездные врата обратно в Галактику Трицератон, где она будет очищена начисто. Леонардо, Михаэлангло и Рафаэль беспомощны без Донателло и его мозгов. 3-е решают, что они должны найти Дона и привести его в чувство, а до конца света, каким мы его знаем, остается всего один час.Вернувшись к тому, с чего все началось, Донателло и Шреддер вступают в финальную схватку, и похоже, что Донателло одерживает верх. На самом деле, похоже, что Донателло действительно убьет Шреддера раз и навсегда! Но Леонардо, Рафаэль и Михаэлагело прибывают как раз вовремя, чтобы спасти жизнь Шреддера и заставить Донателло упасть и снова потерять сознание. Когда Донателло приходит в сознание, он ничего не помнит и смущается, обнаружив, что одет в костюм персонажа комиксов. Тем временем время для планеты Земля поджимает, но благодаря быстрому мышлению Донателло ему удается убедить Трицератонов, что темная Черепаха-правитель Земли, а аниматронные динозавры из Музея естественной истории-его приспешники. Конечно, использование Донателло микро-бластера Шреддера также помогло убедить Трицератонов, что они должны выбраться…