Вернувшись с очередной миссии, ТМНТ в шоке обнаруживают, что их наставник покинул логово, оставив после себя только видеозаписанное сообщение. Играя это послание, тмнт узнают от своего наставника, что он научил их всему, что знает, и пришло время ему покинуть их, а зеленой машине понять свою собственную судьбу и пойти своими собственными путями.Микеланджело устраивается на работу телевизионным поваром, Донателло работает в ремонтном магазине, Леонардо — в фитнес-центре, а Рафаэль жертвует своим самоуважением, чтобы развлекать детей на вечеринках по случаю Дня рождения. Вернувшись в канализацию, Его Величество грызун, Крысиный Король, решает воспользоваться разлукой черепахи и объединяется со своим давним врагом Кожеголовым, чтобы учинить какую-нибудь пакость. Два румяна планируют создать армию Робо-крыс и андроидов-аллигаторов, чтобы помочь в этом начинании, даже несмотря на то, что черепахи распались.Кожеголовый все еще не может устоять перед желанием выследить каждого из зеленых машин и отомстить им. Крысиный король, кажется, соглашается, и эти двое быстро устраивают засаду и захватывают большую часть ТМНТ, всех, кроме Леонардо. Кожеголовый перехватывает вожака черепах, и они сражаются до самого финиша. Во время борьбы Леонардо падает в канализацию, и Лезерхед считает его мертвым.Разыскивая Микеланджело, Эйприл натыкается на Крысиного Короля и план Кожеголового, следящего за кожеголовым [каламбур не предназначен], Эйприл прибывает в логово, где оставшиеся черепахи находятся в заложниках. Она внезапно обнаруживается, но прежде чем ее загоняют в угол Крысиный Король и Кожеголовый, ее быстро спасает не кто иной, как Сплинтер.Появляется очень живой Леонардо и быстро освобождает своих братьев, они бросаются в бой против потрясенных злодеев, после противостояния с андроидами-аллигаторами и робо-крысами. Черепахи заставляют своих врагов отступить. Сплинтер показывает, что его уход был всего лишь уловкой, чтобы выманить Крысиного Короля и Кожеголового из укрытия (во время медитации он «почувствовал», что эти двое что-то замышляют).