Черепахи идут вместе с Микеланджело и его домашним голубем Питом в зоопарк, чтобы доктор Гудфеллоу мог проверить птицу. После осмотра Микеланджело отправляется один, а другие черепахи направляются домой. Как раз в тот момент, когда они собираются уходить, Донателло, Леонардо и Рафаэль попадают в плен к роботам, созданным доктором Лессо. Роботы доставляют TMNT на остров рядом с зоопарком, где доктор Лессо ждет их прибытия. доктор Лессо-ученый, который использует своих роботов, чтобы украсть животных из зоопарка. Он экспериментирует над ними, чтобы создать одно животное с лучшими чертами всех животных вместе взятых. Безумный док хочет, чтобы черепахи получили свои мозги. Микеланджело возвращается в логово и обнаруживает, что остальные пропали. Сплинтер говорит ему, что у него было видение острова во время медитации, и считает, что другие черепахи находятся в опасности. Сплинтер посылает Микеланджело на их поиски даже после того, как тот говорит своему хозяину, что понятия не имеет, с чего начать их поиски. Когда Микеланджело прибывает на то место, где были взяты черепахи, он находит Пита, ожидающего его. Пит рассказывает ему, что случилось с другими черепахами. И тут появляется доктор Джейн Гудфеллоу. Она пытается выяснить, кто забирает животных из зоопарка. Микеланджело рассказывает ей об исчезновении других черепах, и они втроем отправляются на поиски черепах и пропавших животных из зоопарка. Используя лодку зоопарка, они плывут к острову, на котором, по их мнению, находятся черепахи. Миновав все мины-ловушки доктора Лессо, Майкл англо, Пит и доктор Гудфеллоу целыми и невредимыми прибывают на остров. Доктор Лессо освобождает своих животных и приказывает им напасть на черепах, но животные нападают на доктора и захватывают его. Донателло использует мутаторный лазер доктора Лессо, чтобы вернуть всех животных в нормальное состояние и вернуть их в зоопарк.