Черепахи получают взрыв из прошлого, когда динозавры вторгаются в Большое Яблоко. ТМНТ пытаются убить зверей и более или менее преуспевают.Подружившись с молодым диплодоком, которого они называют «Диппи», черепахи прослеживают вторгшихся динозавров до их источника и шокированы тем, что находят там: «Затерянный мир», скрытый глубоко под ядром Земли, где все еще процветают свирепые вчерашние существа. TMNT выясняет, что причиной дальнейшего сохранения динозавра является излучение, испускаемое мистическим энергетическим Кристаллом. Прежде чем черепахи могут расслабиться и исследовать этот «новый мир», они узнают, что Шреддер и Крэнг охотятся за Кристаллом, намереваясь использовать его в другой дьявольской схеме, чтобы восстановить питание Технодрома. Черепахи объединяют усилия с Диппи, чтобы остановить злодеев, сначала они могут отогнать Шреддера назад, но их действия провоцируют Крэнга самому отправиться в дикую страну.По прибытии он строит высокотехнологичную титановую боевую крепость, откуда может использовать мощную энергию кристалла и направлять ее на Технодром прямо с этой базы. В конце концов Шредеру удается перехитрить ТМНТ, и ему удается заполучить Кристалл.Но все идет наперекосяк, когда Шреддер случайно роняет Кристалл, повреждая его, без кристалла (источника их жизненной энергии) Диппи и его собратья-динозавры начинают медленно умирать. ТМНТ пытаются проникнуть в крепость Крэнга с помощью Диппи, но одной его силы недостаточно, как раз когда зеленая машина думает, что все потеряно, Диппи призывает на помощь других динозавров, и их совместными усилиями динозавры могут ворваться в крепость Крэнга, и завязывается ожесточенная битва…