В то время как обе группы черепах пытаются выжить от нападения Дрегга, Дрегг продвигается вперед со своим планом атаки. Шреддера и Крэнга так просто не победить, и это все усложнит для Дрегга. В то время как Дрегг сдерживает Шреддера и черепах, он требует полного контроля над всеми правительствами от Организации Объединенных Наций, иначе земля немного хрустнет. Кроме того, Картер должен вылечить свою мутацию, сражаясь вместе с черепахами.