События Боруто: Новое поколение Наруто происходят спустя годы после Четвертой мировой войны Ниндзя. В годы мира после войны деревня Конохагакуре процветала и видела беспрецедентный уровень технического прогресса. Под бдительным оком Наруто и его товарищей-ветеранов деревня с годами трансформировалась и в конечном итоге превратилась в современный мегаполис, и новое поколение шиноби выступило вперед, чтобы продолжить путь ниндзя.
На этом фоне шоу следует за приключениями Боруто Узумаки, сына Наруто. Из-за легендарного статуса своего отца Боруто часто оказывается в центре внимания в Конохагакуре и, как и его отец, также разделяет черты высокомерия и упрямства. Тем не менее, Боруто считается вундеркиндом и может подкрепить свою бурную личность своими способностями. По мере того, как Боруто получает все больший контроль над своими способностями и учится раскрывать свой потенциал, высокомерие Боруто возрастает. Слишком самоуверенный в своих способностях, Боруто изо всех сил старается выйти из тени Наруто, и это чувство соперничества, которое он испытывает со своим отцом, приводит к тому, что их отношения становятся натянутыми.
Однако мирной и беззаботной жизни Боруто вскоре приходит конец, когда зловещая сила поднимает голову в Конохагакуре и угрожает положить конец всему, что он любит и о чем заботится.