Поиски Коулом информации о таинственной организации, известной как армия 12 обезьян, приводят его в 2015 году в психиатрическую лечебницу, где находится пациент, владеющий ключом к чуме, которая уничтожит мир. Тем временем доктор Райлли рискует своей жизнью и нарушает ход истории, чтобы помочь Коулу.